Mladen Janjanin pohađao je osnovnu školu, nižu glazbenu školu i klasičnu gimnaziju u rodnim Vinkovcima, srednju glazbenu školu pohađao je u Osijeku kod Damira Sekošana, nakon čega 1979. godine upisuje studij glasovira na Royal College of Music u Londonu, u razredu Kendalla Taylora. Diplomirao je sa samo 19 godina kao najmlađi diplomant u povijesti ove institucije, nakon čega nastavlja poslijediplomski studij kod Jurica Muraja na Muzičkoj Akademiji u Zagrebu.
Još kao srednjoškolac bio je dobitnik brojnih priznanja i prvih nagrada na natjecanjima u bivšoj državi. Po završetku studija održao je niz koncerata u zemlji i inozemstvu. Od 1998. godine radi na Muzičkoj Akademiji u Zagrebu kao docent za komornu glazbu, od 2001. godine je prodekan za međunarodnu suradnju.
Od 1984. posebno je značajna njegova profesionalna suradnja sa britanskim orguljašem i pijanistom Wayneom Marshallom, sa kojim već dugo godina uspješno nastupa u brojnim europskim i izvaneuropskim zemljama. Posebno bi se mogla istaknuti i suradnja sa Londonskom filharmonijom pod ravnanjem Carla Davisa te koncerti sa Berlinskom filharmonijom i Claudiom Abbadom u projektu All Rise Wyntona Marsalisa 2001.godine.