Josip Šego je rodjen 14. listopada 1974. u Sarajevu. Studij dirigiranja na Muzičkoj akademiji u Zagrebu počeo je u klasi profesora Igora Gjadrova, a diplomirao je 2000. godine u klasi profesora Vjekoslava Šuteja. Tijekom studija primio je Dekanovu nagradu za izvedbu opere The Medium Gian Carla Menottija, a cijeli projekt je dobio Rektorovu nagradu.
Od godine 2000. angažiran je u Operi HNK u Zagrebu kao korepetitor, a 2005. unaprijeđen je u dirigenta.