Studirao je Arhitekturu u Zagrebu.
Nakon Drugog svjetskog rata, djeluje u ˝Kerempuhu˝ kao karikaturist. Suradnik je u časopisima ˝Vjesnik˝, ˝Jež˝, ˝Filmska kultura˝ i mnogim drugim. 1951. debitira crtićem ˝Kako se rodio Kićo˝. 1956. u sklopu ˝Studija za crtani film Zagreb filma˝ realizira svij prvi samostalni projekt, ˝Nestašni robot˝. Stvara crtane parodije raznih filmskih žanrova poput westerna, filma strave, gangsterskog filma, filma znanstvene fantastike i mnogih drugih.
Vukotić je uspostavio svoj specifičan način stvaralaštva i uspostavio mnoge temelje u novom načinu rada Zagrebačke škole crtanog filma. Dobitnik je mnogih međunarodnih nagrada i priznanja za crtani film, među kojima se najviše ističe nagrada Oscar za film Surogat iz 1962. Oscar je te godine prvi puta dodijeljen autoru s neameričkog područja.
Vukotić je, također, predavao filmsku režiju na Akademiji dramskih umjetnosti u Zagrebu, a bavio se i teorijom animacije.